《海上丝路之南珠宝宝 第二季》的故事发生在21世纪初期的天国北部湾海洋，在这个虚构的童话世界里，精灵、动物和人类和谐共存，他们相互交流，相互影响，精灵和动物们不仅拥有与人类一样的七情六欲，拥有理想和追求，还拥有一些特殊的能力，比如主角南珠宝宝就拥有精灵的超能力，在特定的时候会爆发，发挥作用。